第九愿，愿我来世得菩提时，令诸有情，出魔罥网，解脱一切外道缠缚；若堕种种恶见稠林，皆当引摄置于正见，渐令修习诸菩萨行，速证无上正等菩提。此愿象征药师佛以智慧解脱众生，使其脱离魔障与邪见，走向正道。
第十愿，愿我来世得菩提时，若诸有情，王法所录，缧缚鞭挞，系闭牢狱，或当刑戮，及余无量灾难凌辱，悲愁煎逼，身心受苦，若闻我名，以我福德威神力故，皆得解脱一切忧苦。此愿象征药师佛以威神救度众生，使其脱离王法的迫害与灾难的凌辱。
第十一愿，愿我来世得菩提时，若诸有情，饥渴所恼，为求食故，造诸恶业，得闻我名，专念受持，我当天上满足胜味，反以法味毕竟安乐而建立之。此愿象征药师佛以法味滋养众生，使其超越物质的饥渴，获得精神的满足。
第十二愿，愿我来世得菩提时，若诸有情，贫无衣服，蚊虻寒热，昼夜逼恼，若闻我名，专念受持，如其所好，即得种种上妙衣服，亦得一切宝庄严具，华鬘涂香，鼓乐众伎，随心所玩，皆令满足。此愿象征药师佛以资具满足众生，使其免于贫困的逼迫，获得生活的安乐。
药师佛的十二大愿，涵盖了众生的全部需求：从物质到精神，从身体到心灵，从现世到来世，从个体到全体。这种全方位的救度，体现了药师佛的大慈大悲，也反映了佛教"一切众生皆有佛性"的平等精神。
持诵药师佛名号，是修行的简便方法。每日清晨，面向东方，合掌称念"南无药师琉璃光如来"数百声或数千声。持诵时，观想药师佛形象，身如琉璃，光明广大，左手持钵，右手持药，慈悲照摄。祈求药师佛加持，消除病苦，增长福慧，最终觉悟。持之以恒，可净化身心，远离疾病，获得安宁。
药师佛的圣诞，为农历九月三十。这一天，寺院举行药师法会，诵经祈福，供养药师佛。善缘人可前往寺院参与，或在家持诵药师佛名号，祈求药师佛加持，身心康泰，六时吉祥。